Segurança para o site

Olá pessoal, não sei se está no lugar certo, caso esteja errado peço que redirecionem para o lugar certo...

Bom, hoje quando eu fui entrar em meu site, dei de cara com a seguinte mensagem:

Por sorte, nada foi deletado, está tudo ok, apenas mudaram a página inicial do site.

Mas eu gostaria de saber... como posso melhorar a segurança do meu servidor apache?

Utilizo o site Gesior, pelo que verifiquei nada foi mudado no banco de dados, apenas o index foi alterado.

Obrigado!