pelo que eu entendi você quer ao usar a mega stone ela não ira ser removida do player? se for isso você tem que ir na script da mega evolução e editar pra não remover a mega stone

Vai na pasta do script, acredito que seja pasta actions, procura o script da stone e quando abrir o script procura uma linha chamada doRemoveitem, algo do tipo, só apagar ela que o item não será mais removido ao utilizar.