Olá baned,
O MySQL raramente da esse tipo de travamento, ele ocorre quando o disco está cheio, e não consegue processar mais nenhuma consulta (SQL)...
Tente bloquear no firewall todas as conexões do seu servidor (isso significa deixar ele off para os players), e libere o acesso (porta 7171) somente para o seu IP.... Jogue por 30 minutos que foi o tempo citado por vc, e veja se o problema permanece...
Caso ainda trava vá removendo talvez scripts ou coisas novas que vc adicionou recentemente.