O que chamamos de sources do servidor é um conjunto de códigos em c++ (arquivos .cpp e .h) que fazem basicamente tudo no seu servidor, inclusive dita a maneira que você usa o .lua, as funções e como o servidor envia informações.
A pasta que contem esses arquivos não faz nada mesmo que você modifique os arquivos ou até os delete até que você compile eles. (no caso, criar o executável .exe, o distro)
Portanto, para conseguir "usar" as souces novas, você deve compilá-las. Não é só substituir alguma pasta, você deve substituir o distro.
Esteja ciente de que fazendo isso talvez nenhum dos seus scripts antigos funcionem com o novo distro.
Não recomendo pegar um servidor tfs 0.3.6.x (ou mesmo o 0.4.x) e atualizar o distro para tfs 1.x.
Você baixou as mais recentes (provavelmente do git do tfs, a 1.0)?
Tem várias maneiras de compilar as sources. Você pode usar um computador com sistema linux, pode usar o Microsoft Visual Studio, pode usar o code::blocks... etc etc...
Tem algumas maneiras aqui no forum, tente entrar nesse link: http://www.tibiaking.com/forum/forum/146-tutoriais-de-programa%C3%A7%C3%A3o/