Draguer

Não existe isso de Base limpa. Quando alguém quer começar um projeto do 0 ele faz o seguinte.
 
Escolhe uma Distro! 
Pega um TFS limpo, bom para uso, e assim vai adicionando as funções conforme vai necessitando delas.
 
Mapa!
Abre o RME, e faz um Mapa do Zero, quando você abre o RME, aparece já um Mapa zerado, então você edita e salva na versão que deseja, e joga na pasta world do Server!
 
SPR e Dat!
Abre o Object Builder, e vai em New, e faz uma SPR do zero, adiciona as Sprites que deseja e etc..
 
Items.otb!
Abre o Item Editor, vai em new, e cria um items.otb na versão que deseja, e conforme você vai adicionando os Items no Dat, você vai adicionando eles no items.otb e depois configura na items.xml que será gerada juntamente quando você fizer o items.otb. 
 
E por ae vai manos, Scripts você faz, ou pega, sistemas e etc...
Não existe Base zerada pronta, você faz o que precisa do zero, adiciona e pronto. E vai editando, adicionando o que deseja.
Mais sugiro pegar uma SPR, Dat, items.otb e items.xml, já pronto, é algo simples e não vai pegar muito do seu tempo na hora de adicionar Sprites, items para colocar no mapa e etc... 
 
GooD LuckY! 
 
 
xD