Tem que agrupar-lós nos items, você vai pegar um item editor OTB, vai abrir seu items.otb vai procurar o ID das potions no caso for 2560 o ID de tal potion, você vai procurar esse id no editor, vai abrir e vai aparecer umas funções para marcar você marca "Stackable" quer dizer agrupavél, faça isso em todos os ids de potions, reinicie seu server e crie novo potion ira vir com 100.
EDIT: para por para desaparecer ao inves de transformar em vazio você vai nos scripts onde tiver assim...
Você substitui e deixa assim...