UP

Solucionei substituindo o código por 

<?php include($layout_name.'/popup.php'); ?>

valeu por nada kkk, mas fica ai pra quem tiver passando por isso..

@favaro15 <?php include($pages_name.'/popup.php'); ?>

coloca antes do primeiro <?php

ficando maios ou menos assim

<?php include($pages_name.'/popup.php'); ?>
<?php
$main_content .= '