Eu Baixei Uma Source Que Veio Com Um Distro Pronto, O Distro Pronto Tem 6MB e Quando eu Compilo Fica 3MB .

Por Que Diminui ?

.

Provavelmente foram compilados usando softwares ou até mesmo versões diferentes.

Por exemplo: devcpp, visual studio 2012, 2013... Isso pode fazer o tamanho variar bastante.

Tem Algum Problema Em Usar a Source Com o Tamanho Menor ?

Se compilou normalmente, não vejo nenhum problema.

Só observe se ocorre crachs, mais acho isso pouco provável